Papa 16. Benediktüs'ün ziyaretinde belki de en çok merak edilen konu Ayasofya ziyareti. Hıristiyanlar için olduğu kadar Müslümanlar için de önemli bir mekan. Çünkü İstanbul'un fethinden sonra Fatih Sultan Mehmet burayı camiye çevirmişti. Bu muhteşem 1500 yıllık sanat harikasında ne olacağı kestirilemiyor. Papa perşembe günü saat 17:00-17:30 arasında Ayasofya'da olacak.
Bilindiği gibi 1967'de Papa 6. Paul Ayasofya'da yere kapaklanarak dua etmişti. Dönemin Dışişleri Bakanı İhsan Sabri Çağlayangil diplomatik bir dille onu ayağa kaldırmıştı.
Kimileri bunun dini bir özgürlük olduğunu artniyet aramamak gerektiğini savunurken, karşı taraf ise bunun Türkiye üzerinde oynanan planlı bir oyunun parçası olduğunu savunuyor.
Tarihçi Profesör İlber Ortaylı da Papa'nın Ayasofya'da dua etmemesi gerektiğine inananlardan. Ortaylı'nın uyarıları şöyle:
"Ayasofya ziyaretinde 6. Paul’ün yaptığı gibi yapmaması lazım. 6. Paul küt diye çöktü duaya başladı. Onun çöküp dua etmesi başka şeydir. Olmamasını temenni ediyoruz. Orada müdür İslam dünyasından gelen önemli bir misafirin namaz kılmasını engelledi. O da itaat etti. Orası 1934 kararıyla müze olmuştur".